ストーリー

21世紀も20年近くが経ち人々が妖怪の存在を忘れた現代。

科学では解明が出来ない現象が頻発、流言飛語が飛び交い大人たちは右往左往するばかり。

そんな状況をなんとかしようと妖怪ポストに手紙を書いた13歳の少女・まなの前にカランコロンと下駄の音を響かせてゲゲゲの鬼太郎がやってきた・・・。

半人半妖の妖怪・ねずみ男は、ある南洋妖怪から正義の妖怪少年・鬼太郎の抹殺を提唱される。計画に乗ったねずみ男は、鬼太郎の友人である人間の少女・ユメ子をさらう。やがて仲間の妖怪・ネコ娘から事件を知らされた鬼太郎は、ねずみ男を追う。

ハレー彗星が近づく中、突如として巨大一つ目妖怪・バックベアードをリーダーにした西洋妖怪軍団が出現し、ホウキボシ島を襲った。島の少年から助けを求められた鬼太郎は、日本妖怪たちに協力を仰ぐも、殆どがバックベアードの力を恐れて尻込みしていた。だが、正義を信じる鬼太郎は、仲間たちと共に西洋妖怪軍団と対決するため、島を目指す。

どこからともなく現れた妖怪は、人間に化けると奇妙な反物を売り始めた。不審に思ってあとをつけたネコ娘は、山奥で中国からやって来た妖怪・チーたちが見たことのない術を使い、ぬりかべを反物に変える光景を目にする。彼らは、日本征服を企んでいたのだった。やがて鬼太郎らは、中国妖怪たちの日本征服を止めるため、熱いバトルを繰り広げる。

1000年に1度の妖気が集まってできる怪気象と呼ばれる台風が東京に上陸した。その時、テレビに妖怪皇帝が現れ、日本を自らの支配のもと妖怪天国にすると宣言する。鬼太郎は怪気象に潜む謎の妖怪皇帝率いる妖怪集団に立ち向かうため、仲間と共に立ち上がる。

鬼太郎は、ある少女に南方・バルル島にて行方不明となった父親を探してほしいという願いを受けて、仲間と共に現地に向かう。しかし、南方妖怪アカマタに騙された鬼太郎は、醜くも巨大な「大海獣」に姿を変えられてしまう。

三太郎は今まで一度もバットにボールを当てたことがない野球少年。ついには、所属チームからのクビを宣告されてしまう。途方にくれながら家路についた三太郎は、その途中でねずみ男と出会った。そして「妖怪バット」なる怪しいを代物を手にする。それは使えば必ずホームランを打てるが、使い続けると魂を吸い取られてしまうという危険なものだった。三太郎はチームに復帰し、試合で大活躍を見せる。そんな三太郎の前に鬼太郎が現れて、妖怪バットを自分に返すように告げる。

吸血鬼率いる西洋妖怪たちが地獄から脱出した。彼らはこの世とあの世、そして過去と未来を自在に行き来できる「まぼろしの汽車」を奪い取ることに成功したのだ。この一大事を閻魔大王から聞かされた鬼太郎とその仲間たちは、西洋妖怪を食い止めようとするが、苦戦を強いられてしまう。さらに鬼太郎は妖怪石炭に変えられ、汽車の燃料にされようとしていた。

妖怪ポストに謎の美少女・風祭華から助けを求める手紙が届く。さっそく彼女のもとに向かった鬼太郎たちだったが、一足先に妖怪・鏡爺が華を鏡の中に引きずり込んでしまう。そして、鬼太郎までもが鏡の世界に閉じ込められてしまった。なんとかそこを脱出した鬼太郎は、華が閻魔大王をも苦しめる妖怪を超えた存在・ヤトノカミ復活の鍵を握っていることを知る。華と日本の危機を救うため、奔走する鬼太郎。そんな中、日本各地から日本妖怪四十七士が、さらには世界中の妖怪たちが鬼太郎のもとに集結する。

妖怪世界でのんびり暮らしていた鬼太郎。そんな彼のもとに、人間界の小学生が助けを求めてくる。一方で同じ頃、妖怪世界で、恐るべき魔力を秘めて封印された石が消えるという大事件が起きてしまう。やがて、邪悪な妖怪たちと戦うため、鬼太郎が立ち上がる。

女性が夜の雨の中をひとりで歩いているとどこからか“かごめかごめの歌”が聞こえてきた。気のせいかと思っていると木の上から鳥がジッとこちらを見つめている、怯える女性の前に突然ずぶ濡れの女が現れた。次の瞬間女性は消え銀のウロコが数枚落ちているだけだった。

かごめかごめの歌を聞くと人が消えるという噂が女子高生のあいだで流行っていた。だがどうして人の魂を奪うのかはっきりしないためその話を全く信じていない比良本楓だったが部活の帰り道にかごめかごめの歌が聞こえて戦慄する。すると目の前にずぶ濡れの女が現れお前の魂をくれと迫ってくるため慌てて逃げ出した。その途中墓場の前で人にぶつかってしまう、“怪奇現象研究所所長のビビビのねずみ男”と名乗ったその男は手助けを申し出るが楓はこれを断る。

次の日楓が家に帰ると自宅前にねずみ男がいた、あからさまに怪しい人物だったため家に駆け込もうとしたその背中に“うろこ！”と声をかけられ思わず立ち止まる。何故なら楓の手には銀色のうろこが生えていたのだった。一反木綿に乗せられ一緒にゲゲゲハウスへ向かう2人、だが鬼太郎の反応は意外なものだった。昨日ほっといてくれって言われたから・・猫娘がらしくないと喝を入れるがどんなに人間を助けても感謝もされなければすぐに忘れ去られてしまうからと投げやりな態度。反抗期かしらと突っ込まれながらも楓を助けるべく鬼太郎ファミリーは動き出すのだった。