人気女性キャスターのエイプリルは、ニューヨークで暗躍するフット団を追跡しようとしたところを襲われてしまい、ラファエロ、レオナルド、ミケランジェロ、ドナテルロという4匹の大きな亀たちに助けられる。彼らはある方法によって人間のような姿と人語をはなす能力を得、同様に人間のような姿となったネズミのスプリンターの元で忍術の修業に励んでいた。 エイプリルが彼らと親しくなったのもつかの間、スプリンターがフット団に攫われる。青年・ケーシーの協力を得て亀たちは救出に向かう。

タートルズとスプリンターはフット団を撲滅するも、下水道にあった住居を失い、エイプリルの家に居候していた。ある日、エイプリルはジョルダン・ペリー教授という人物にTGRI社の化学廃棄物処理について取材する。一方ゴミ捨て場で生き延びていたシュレッダーは、廃棄物がタートルズが突然変異する原因だと突き止める。シュレッダーはペリー教授を誘拐し、研究所から盗んできた廃棄物を用いてカミツキガメとオオカミをミュータントにする。それぞれトッカとレイザーと名付けられた二体は、ペリー教授を助けに来たタートルズにけしかけられる。だが、教授の細工によりこの二体の知能は3歳児程度しかなかった上、教授が用意した解毒剤によって元の姿に戻される。追い詰められたシュレッダーは、自ら廃棄物を浴び、スーパーシュレッダーなるミュータントに変貌するも、タートルズによって撃破される。

ある日、エイプリルは骨董店で不思議な笏を手に入れたことにより、1603年の日本にある大名・ノリナガの城に転送されていた。魔女とみなされて牢屋に入れられた彼女は、イギリス人の海賊ホウィットと出会う。そのころ、ノリナガの子・ケンシンは彼女と入れ替えに現代に転送される。 タートルズは1603年の日本に行ってエイプリルとホウィットを牢屋から出した後、紆余曲折を経て現代に戻り、ケンシンも1603年の日本に戻る。

チャンネル6のレポーター、エイプリル・オニールはニューヨーク市の港で犯罪シンジケート「フット団」の構成員達が忍者らしき集団に襲われる場面を目撃したが、上司から証拠が無い事を理由に信じられなかった。同じころ、ニューヨーク市はエイプリルの亡き父の勤務先だった大企業サックス社との契約を更新していた。「フット軍団」のボス、鍛練をしていたシュレッダーは、部下達の失態を聞く。殺されると分かっていても鍛練に付き合うほど「フット」の主従関係は徹底していた。シュレッダーは部下たちに忍者の正体を探ることを命じる。再び忍者集団が地下鉄に現れたフット軍団を叩きのめし、SWATの到着と入れ替わりに去っていき、エイプリルは様子を写真に収める事ができた。忍者の正体は人語を喋る亀で、師匠は人語を喋る鼠だった。そして、彼らとエイプリルとは過去に接点があった。一方、フット軍団たちはある邪悪な企みを遂行していた。